基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)是山西醫(yī)科大學(xué)最早、最重要的一級(jí)學(xué)科，二級(jí)學(xué)科1978年起招收碩士研究生，生理學(xué)科1986年起招收博士研究生，2006年獲批一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，2018年獲批一級(jí)學(xué)科博士授權(quán)點(diǎn)。

學(xué)科是山西省最優(yōu)秀的一級(jí)學(xué)科之一，獲得山西省1331工程”優(yōu)勢(shì)特色學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目資助。學(xué)科下設(shè)生理學(xué)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、細(xì)胞生理學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，細(xì)胞生理學(xué)、出生缺陷與細(xì)胞再生、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物與人類疾病動(dòng)物模型 等5個(gè)山西省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，山西省新藥工程技術(shù)研究中心和山西省研究生教育創(chuàng)新中心，2016年獲批國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。學(xué)科擁有優(yōu)秀的導(dǎo)師隊(duì)伍，建有8000平米的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中心，擁有較完備、先進(jìn)的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備和技術(shù)平臺(tái)，是區(qū)域一流的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)和研究平臺(tái)，是山西省醫(yī)學(xué)研究成果產(chǎn)出基地和高級(jí)專業(yè)人才培養(yǎng)的搖籃，為山西省醫(yī)學(xué)決策和衛(wèi)生健康提供有力支持。

學(xué)科設(shè)有六個(gè)學(xué)科方向，即人體生理與病理生理學(xué)、再生醫(yī)學(xué)、病理學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)、基礎(chǔ)藥理與分子藥理學(xué)、醫(yī)學(xué)信息學(xué)。學(xué)科科研聚焦臨床問(wèn)題，圍繞我省高發(fā)病凝練研究?jī)?nèi)容，在阿爾茨海默病、疼痛及其調(diào)制、心血管受體自身免疫、心肌電生理與心律失常、糖尿病、神經(jīng)管畸形、食管癌的發(fā)生機(jī)制與防治等領(lǐng)域都有領(lǐng)先成果，在國(guó)內(nèi)外有一定影響力。

學(xué)科2019年起招收基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)五年制本科學(xué)生，構(gòu)建了本科、碩士、博士貫通式培養(yǎng)體系。學(xué)科致力于培養(yǎng)具備堅(jiān)定理想信念和良好道德品質(zhì)，具有全面綜合素質(zhì)、扎實(shí)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)基本理論和實(shí)驗(yàn)技能，富有創(chuàng)新精神和實(shí)踐能力、有較大發(fā)展?jié)撃?，能在高等醫(yī)學(xué)院校從事教學(xué)與科研，能在醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域從事基礎(chǔ)研究與應(yīng)用開(kāi)發(fā)的不同層次專業(yè)人才，培養(yǎng)優(yōu)秀的社會(huì)主義事業(yè)的建設(shè)者和接班人。學(xué)科研究生生源質(zhì)量較好，以國(guó)內(nèi)醫(yī)學(xué)和生物學(xué)背景的本科生為主。

學(xué)科歷史悠久，聲名卓著，在省內(nèi)有著舉足輕重的位置，在國(guó)際國(guó)內(nèi)占有一席之地。學(xué)科是中國(guó)高等教育學(xué)會(huì)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)分會(huì)成立首倡者之一，創(chuàng)辦了首個(gè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)研究類期刊《基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教育》。學(xué)科擁有喬健天、趙榮瑞、韓德五、曹濟(jì)民、解軍教授等一批國(guó)內(nèi)非常有影響力的科學(xué)家。四十多年來(lái)培養(yǎng)博碩士近2000名，遍布國(guó)內(nèi)外，蘇州大學(xué)熊思東校長(zhǎng)、中國(guó)工程院徐建國(guó)院士、田志剛院士等是其中的杰出代表。學(xué)科科研成果突出，學(xué)術(shù)交流活躍，成功舉辦了亞太I(xiàn)BRO腦科學(xué)培訓(xùn)班等國(guó)際國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)會(huì)議，擴(kuò)大了學(xué)術(shù)影響力。